З 2000 р. науково-дослідна робота в Центрі українознавства проводилася у межах загальноуніверситетської Комплексної наукової програми «Наукові проблеми державотворення України».
Упродовж 2000–2005 рр. Центр українознавства виконував самостійну науково-дослідну тему «Дослідження проблем українознавства в системі сучасних загальносвітових тенденцій розвитку націєтворчих концепцій» (№ 2000БФ-010). Керівник теми – д. і. н., професор Володимир Іванович Сергійчук.
У 2006–2010 рр. Центр розробляв наукову тему «Дослідження соціокультурних перетворень в історичному досвіді та сьогоденні української спільноти» (№ 06БФ 034-01). Керівники теми – д. іст. н. Володимир Іванович Сергійчук, з 15.03.2007 р. – д. політ. н., професор Микола Іванович Обушний. Вона виконувалася в межах університетської Комплексної програми «Наукові проблеми сталого державного розвитку України». У 2011–2015 рр. співробітники Центру розробляли науково-дослідну тему «Українство у світовому цивілізаційному процесі: історичний досвід та перспективи» (11БФ 041-02), яка виконувалась у межах комплексної наукової програми Київського національного університету імені Тараса Шевченка «Модернізація суспільного розвитку України в умовах світових процесів глобалізації».
У 2016-2018 рр. співробітники Центру виконували науково-дослідну тему «Консолідація українства в постколоніальну добу» (№ 16 БФ065-01) у межах комплексної наукової програми Київського національного університету імені Тараса Шевченка «Модернізація суспільного розвитку України в умовах світових процесів глобалізації».
Із травня 2019 р. співробітники Центру українознавства працюють над темою «Конфліктизація культурно-історичного простору українства в умовах сучасних загроз».
Поза виконанням держбюджетних тем як співробітники Центру у різні часи долучалися до виконання інших наукових проектів. Зокрема співробітниками Центру, науковцями Київського національного університету імені Тараса Шевченка та інших навчальних та наукових закладів було підготовлено Енциклопедичний довідник «Український Петербург». Вона містить системний комплекс матеріалів – понад 2000 біографічних та тематичних статей, присвячених життєдіяльності українців у Санкт-Петербурзі упродовж понад 300 років (з 1703 р. і до сьогодні).
Упродовж 2003–2004 та 2008–2010 рр. та з 2013 р. співробітники Центру українознавства готували та упорядкували Науково-довідкове електронне видання «Енциклопедія Київського університету» (інтернет-версія на сайті http://eu.univ.kiev.ua). Матеріали цього проекту було частково використано при підготовці видання «Професори Київського університету».